Gobernador de la provincia de Antioquia

Tras la batalla de Boyacá, las tropas republicanas se dirigieron a Santafé, la capital. Al amanecer del martes 10 de agosto, en el Puente del Común, supo Bolívar que el virrey Juan Sámano había huido la víspera rumbo a Honda (Tolima). De inmediato despachó en su persecución al general José Antonio Anzoátegui y al teniente coronel José María Córdova con alguna infantería y varios escuadrones de caballería. Llegaron a Honda el viernes 13 de agosto y allí les informaron que Sámano y su séquito se habían embarcado el martes anterior rumbo a Cartagena. Desde el puerto sobre el Magdalena, Córdova se dirigió a Bolívar solicitando la comisión de libertar la provincia de Antioquia. El correo que llevaba aquel oficio se cruzó en el camino de Honda a Santafé con un posta que traía del cuartel general de Bolívar el nombramiento de Córdova de gobernador de dicha provincia. Córdova se vio abocado a enfrentar un gobierno provincial erizado de problemas de toda índole, como la situación de orden público, el contrabando de aguardiente, la corrupción de los funcionarios y el sistema de espionaje de los realistas, entre otros. Todo esto tenía sumida a la provincia en un estado de desconcierto. El 30 de septiembre de 1819, un mes después de la llegada del gobernador, Faustino Martínez le escribió al virrey Sámano, radicado en Cartagena, pidiendo su ayuda, y le informó que “aunque [los republicanos] han alistado mucha gente, se hallan sin más armas que la lanza y faltos de pertrecho y municiones, de suerte que si vuestra excelencia manda algún refuerzo la provincia será reparada al momento”.2​ Estos informes, unidos a los que posteriormente enviaría Miguel Santa María, alentaron a Sámano a orquestar una segunda reconquista desde Cartagena y otros puntos estratégicos del virreinato. Una de las primeras medidas tomadas por Córdova fue la de nombrar gobernador civil de la provincia de Antioquia a José Manuel Restrepo, en obediencia al decreto firmado por Bolívar el 17 de agosto de 1819, que dejaba en manos del gobernador civil los asuntos judiciales y de baja policía, en tanto que los gobernadores y comandantes generales de la provincia ejercían el mando de armas, la alta policía y todas las funciones gubernativas.3​