Insurrección y muerte

Un mes antes de fallecer Córdova le escribió a Simón Bolívar indicándole que no estaba dispuesto a traicionar sus juramentos ni faltar a su deber. Le recordó:8​ “Todos hemos jurado sostener la libertad de la república, bajo un gobierno popular, representativo, alternativo y electivo, cuyos magistrados deben ser todos responsables; y sin renunciar al honor, no podríamos prestar nuestra aquiescencia a la continuación de un gobierno absoluto, ni al establecimiento de una monarquía, sea cual fuere el nombre de su monarca”. Así, Córdova reunió un ejército de antioqueños y se levantó en armas contra Bolívar, como también lo hicieron en el sur de Colombia José María Obando y José Hilario López.8​ En respuesta a dicha insurrección, en Bogotá se organizó un ejército de ochocientos hombres del batallón Rifles, con varios oficiales extranjeros como Carlos Luis Castelli, al mando del general de brigada irlandés Daniel Florencio O'Leary. De Cartagena salió otro contingente al mando del general Mariano Montilla.9​ Del lado de Córdova estaban Salvador Córdova, Manuel Antonio Jaramillo, Braulio Henao, Francisco Escalante, José Manuel Montoya y Anselmo Pineda.10​ Las personalidades presente en ambos bandos serían figuras representativas durante el siglo XIX, por tanto, la Guerra del Santuario, fue la primera guerra civil (1829), en la historia de la república, dado que puso de manifiesto los diferentes proyectos de Estado entre las élite regionales que intentaron resolver el conflicto por la vía bélica y su resultado determinaría el curso del siglo que vio nacer las repúblicas americanas. La guerra que terminó con el asesinato del héroe de Ayacucho "se desarrolló en tres etapas sucesivas: la primera etapa que duró alrededor de 45 minutos y que consiste en el primer ataque de Córdoba sobre las huestes de O´Leary. La segunda etapa que duró 2 horas aproximadamente y que fue la retirada de lo que quedaba del ejército de Córdoba hacia una posición defensiva cerca de una casa aledaña. Por último, la tercera fase que duró unos cuantos minutos en la que el ejército bolivariano tomó prisioneros y atacó la casa donde se protegía Córdoba y algunos de sus más cercanos camaradas"11​ El 16 de octubre Córdova hizo marchar su tropa desde El Peñol, por donde el esperaba a O'Leary. El 16 en la noche supo Córdova que O'Leary venia por Granada hacia El Santuario de Antioquia, donde ya había algunos para recibirlo. Córdova llegó a un lugar llamado El Salto en El Santuario a las 8 de la mañana donde ya estaba la tropa cansada después de un torrencial aguacero. Córdova organizó así a su fuerza: la izquierda encabezada por su hermano Salvador; la derecha por Benedicto González y el centro por el mismo. Poco después a distancia de hacerse oír O'Leary, dijo: "Córdova entrégate; no sacrifiques estos pocos reclutas". Córdova replicó: "Córdova no se entrega a un vil mercenario extranjero asalariado, primero sucumbe". Inmediatamente el fuego de los héroes británicos de la independencia latinoamericana cayó sobre los soldados de Córdova. A las 2 horas de combate O'Leary ordena a su caballería atacar para acabar la batalla. Córdova se retiró a una casa hospital herido y derrotado. El general O'Leary ordenó a uno de sus oficiales de caballería, un teniente coronel irlandés llamado Rupert Hand, capturar a Córdova.12​13​9​ El asesino entró a la casa donde se había refugiado Córdova y dijo "¿dónde está Córdova?" a lo que este respondió "yo soy Córdova".14​ Hand descargó un sablazo sobre la cabeza de Córdova que hizo que su sombrero de jipijapa quedara marcado. Llegó el segundo sablazo y Córdova llevó su mano para protegerse el rostro y le cercenó 3 dedos. El tercero fue tan fuerte que penetró 4 dedos en la pared craneal y Córdova quedó tendido en el suelo hasta que murió a los 30 años de edad.